本发明涉及一种用于预测羽衣甘蓝株高性状的分子标记及其应用，所述分子标记为酶切扩增多态性序列(CAPS)，所述酶切扩增多态性序列(CAPS)的原始序列的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO：1，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO：2，所述分子标记预测羽衣甘蓝株高性状的应用方法包括如下步骤：(1)提取羽衣甘蓝基因组DNA；(2)所述分子标记PCR扩增；(3)限制性内切酶NcoΙ酶切PCR产物；(4)琼脂糖凝胶电泳检测。本发明建立了一种应用CAPS分子标记在不受发育阶段影响的情况下，早期预测羽衣甘蓝株高性状的方法，对羽衣甘蓝株高性状鉴定与新品种选育具有重要的科学指导意义。