本发明涉及生物工程技术领域，尤其涉及水稻遗传智能化育制种载体转化事件GATV3‑2890‑2及其应用。本发明提供的侧翼序列包括：如SEQ ID NO.1所示的右侧翼序列和如SEQ ID NO.2所示的左侧翼序列，本发明还提供检测所述侧翼序列的特异性引物。采用上述特异性引物对待测水稻的DNA样品进行PCR扩增，能够特异性地指示水稻第2号染色体F‑box蛋白Os02g0200900的3’端第5628243‑5628280碱基处是否插入pC0309‑KhvMaauMCMK5400的T‑DNA片段。本发明成功实现了对转基因水稻及其衍生系的检测和安全管理。