本发明公开了与小麦籽粒锌含量主效QTL紧密连锁的分子标记及其应用，属于小麦分子遗传育种技术领域。所述分子标记与所述小麦籽粒锌含量主效QTL QGrZnc.sau‑4A共定位于小麦基因组的4A染色体短臂上；所述分子标记位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第36位碱基处，存在C/T突变。本发明的小麦籽粒锌含量主效QTL QGrZnc.sau‑4A，位于4A染色体上，具有显著提高小麦籽粒锌含量的作用，本发明提供的分子标记与该QTL紧密连锁，能够用于分子标记辅助检测QTL和分子育种，提高检测效率和育种效率。