[0001] 本发明涉及肿瘤基因检测领域，具体为一种利用外周静脉血和引流静脉血中的ctDNA比例来辅助衡量肿瘤残留以及复发的方法。

[0002] 在肿瘤学领域，肿瘤残留衡量和复发监测对患者预后至关重要。目前，临床上衡量肿瘤残留的金标准通过影像学方法。但是，由于检测灵敏度有限，一旦影像学检测到肿瘤残留，可能就预示着肿瘤已经复发。因此，非常有必要开发灵敏度高、特异性强的辅助肿瘤残留衡量和复发监测的方法。

[0003]  鉴于此，本发明目的在于提供一种通过考察外周静脉血和引流静脉血（中国发明专利，申请号：202410500662.9，申请公布号 ：CN 118389639 A；一种器官引流静脉血中游离核酸的检测方法）中的ctDNA比例来辅助衡量肿瘤残留以及复发监测的方法，以提高肿瘤残留衡量和复发监测的灵敏度和特异性，改善肿瘤患者的预后生存。

[0033] 以下将参考附图并结合实施例来详细说明本发明。需要说明的是，在不冲突的情况下，本发明中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。本发明的实施例仅仅是为了解释本发明，并非为了限制本发明，且本发明的实施例并不局限于说明书中给出的实施例。实施例中未注明具体实验条件或操作条件的按常规条件制作，或按材料供应商推荐的条件制作。此外应理解，本发明中提到的一个或多个方法步骤并不排斥在所述组合步骤前后还可以存在其他方法步骤或在这些明确提到的步骤之间还可以插入其他方法步骤，除非另有说明；还应理解，本发明中提到的组合连接关系并不排斥在所述组合前后还可以存在其他连接或在这些明确提到的两个连接之间还可以插入其他连接，除非另有说明。而且，除非另有说明，各方法步骤的编号仅为鉴别各方法步骤的便利工具，而非为限制各方法步骤的排列次序或限定本发明可实施的范围，其相对关系的改变或调整，在无实质变更技术内容的情况下，当亦视为本发明可实施的范畴。在下述实施例中，所使用到的试剂、材料以及仪器如没有特殊的说明，均可商购获得。

[0034]  术语“引流静脉”又称“draining vein”，是收纳器官或器官中肿瘤所在部位的静脉管 道总称。“引流静脉血”是指引流静脉中的静脉血，是从器官或器官中肿瘤所在部位中流出 但还未经过下一个器官组织的静脉血。

[0035]  术语“引流静脉取血”是指从引流静脉中取血，从器官或器官中肿瘤所在部位中流出的 静脉中取血，所采取的血为从一个器官组织流出但还未经过下一个器官组织的静脉血，从 而最大程度地避免血液稀释效应、器官代谢效应、血液自身降解效应对待检测指标的影响。 引流静脉取血是一项技术要求较高的操作，需要经验丰富的医生或护士进行操作。对腹腔 器官肿瘤患者来说，由于不同器官来源的静脉血在汇入门静脉及其属支静脉时通常不会混 合均匀，因此需要根据属支静脉的走向或通过影像学分析血流方向来确定门静脉及其属支 静脉上的取血位点，以及进针的深度和方向，以确保针头位置能够采集到肿瘤静脉血。同 时，在确定可供采血的门静脉及其属支静脉位置时，需要考虑操作的方便和安全性，并且尽 量减少肿瘤来源的静脉血被其他组织来源的静脉血稀释。这有助于提高采样的纯度和准确 性。此外，还需要确保肿瘤静脉血在进入肝脏之前能够被有效地采集，以避免肝脏对肿瘤游 离核酸的代谢作用。因此，在门静脉及其属支静脉血采集过程中，需要综合考虑肿瘤静脉血 流走向、解剖结构、影像学分析和操作方便性，以及肿瘤来源静脉血的纯度等因素，以确保准确获取肿瘤回流的静脉血所含比例尽可能高的门静脉及其属支静脉血样本。在实际应用 中，还需要根据患者的具体情况和医生的判断来确定最佳的方法和流程。

[0036]  实施例1 结直肠癌术前外周静脉血及术中门静脉血临床应用研究发现第一步，样本采集：入组108例不同患者的术前外周静脉血、术中门静脉血，进行离心、血小板去除，分离出血浆，进行ctDNA检测；第二步，复核临床信息：删去匹配不佳的12例患者样本；第三步，进一步复核临床信息：删去AJCC4期及与其配对的12例患者样本；第四步，构建新巢式病例对照队列，其中病例组42例患者，对照组42例患者，如附图1和附图2所示；第五步，进行组织样本突变检测，突变筛选过滤条件为：(a)利用白细胞检测结果对照，去除胚系突变；(b) 作针对热点突变，突变丰度≥0.1%为突变筛选阈值；(c)针对非热点突变，若在组织、血浆中共同检出，突变丰度≥0.1% 作为突变筛选阈值；(d) 针对非热点突变，若未在组织中检出，至少在一个血浆样本中检出突变丰度≥0.5% 作为突变筛选阈值；
第六步，突变检出组织类别进行新的划分：术前检出（preO）、术中检出（pv）、仅术前检出术中未检出（onlypreO）、仅术中检出术前未检出（onlypv）、术中术前共同检出（both），如附图
3和附图4所示；第七步，结合影像学分析，入组的二三期患者，虽然医学影像没有显示外周器官转移灶的存在，但在组织样本突变检测层面显示，部分患者已经有微小转移灶，所述患者术前外周静脉血、术中门静脉血样本中共同检出突变的突变丰度全都满足以下条件：门静脉血中共同检出突变的突变丰度/外周静脉血同检出突变的突变丰度≤2/3，如附图5所示。

[0037]  实施例2 临床辅助应用验证第一步，入组二期和三期结直肠癌患者84例，这些患者在医学影像学分析上未显
示外周器官的转移灶，但组织样本的突变检测显示部分患者可能已存在微小转移灶。第二步，入组影像无转移迹象但通过基因检测发现潜在转移风险情况的结直肠癌患者84例。第三步，样本采集：（a）在患者手术前，采集外周静脉血样本用于测定基因突变丰度；（b）在患者手术过程中，通过采集门静脉血样本进行突变丰度检测；（c）在患者手术过程中，收集肿瘤组织样本，用于作为基准的突变检测。第四步，使用高灵敏度的突变检测技术，如数字PCR、NGS或其他能够准确定量突变丰度的技术，确保能够在外周静脉血和门静脉血中检测到微小的突变丰度差异；（d）共同突变检测：通过基因组学分析，在外周静脉血、门静脉血和肿瘤组织中寻找共同的突变位点，并计算每个样本中突变的丰度。第五步，对比门静脉血和外周静脉血中的共同突变位点的丰度，计算突变丰度比值，确定突变丰度比值是否小于或等于2/3，并将其与组织样本中突变的丰度进行关联。第六步，分组与分析：将通过组织样本突变检测确认存在微小转移灶的患者划为转移组；（b）将影像学和组织学均未显示转移的患者划为无转移组。第七步，假设验证，（a）提出假设：对癌症患者来说，门静脉血中的突变丰度比外周静脉血中的更高，而当比值≤2/3时，提示患者发生了转移；（b） 使用统计学分析,如t检验、Mann‑Whitney U检验,来验证不同患者组间突变丰度比值的显著性差异; 第八步，临床验证，术后6个月或12个月通过随访观察患者的临床转移进展，将基因检测中的丰度比值与临床转移情况进行相关性分析，评估该比值是否可以作为结直肠癌转移的预测指标；第九步，结果解读，（a）如果丰度比值 ≤ 2/3 的患者有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移，则验证了该比值能够作为结直肠癌转移的早期预测标志;(b)反之，如果比值大于2/3的患者出现了相对较低的转移风险，说明该比值对转移的预测具备可靠性; 当突变丰度比值（门静脉血中的突变丰度/外周静脉血中的突变丰度）大于2/3的患者出现较低的转移风险时，说明该比值可以作为结直肠癌转移的可靠预测指标。这里有几个关键点来解释这个现象。因为门静脉血中的突变丰度反映了结直肠癌微环境中的突变负荷，而外周静脉血中的突变丰度反映了肿瘤细胞向外扩散的情况。如果门静脉血中突变丰度相对较高（比值大于2/3），这意味着肿瘤的活跃突变更集中在原发病灶，其肿瘤细胞还局限在局部或原发部位，尚未突破局部屏障（如血管壁、基底膜等），没有显著的外部转移动力，提示疾病的相对稳定状态。由于没有扩散到外周静脉血中。这表明肿瘤尚未进入高转移状态，因此转移风险较低。相反，门静脉血中突变丰度相对较低（≤2/3），则表明外周静脉血中的突变丰度较高，暗示肿瘤细胞已经开始向外扩散，更容易发生远处转移。如果随访期间，比值大于2/3的患者确实显示出较低的转移风险，并且在多次独立的随访中得到一致验证，那么该突变丰度比值可被视为转移风险的负相关指标，有较强的预测能力。在统计学上，使用Cox回归或逻辑回归分析方法，假设基因丰度比值高与低风险相关，并通过检验发现其有显著性关联，p值 小于 0.05，进一步支持该比值作为预测转移的有效生物标志。临床上，如果能够通过术中或术后基因检测得到这一比值，并基于大于2/3的突变丰度比值预测出较低的转移风险，这意味着医生可以对这些患者采取较保守的治疗策略，避免过度治疗（如不必要的化疗或放疗）。同时，这一预测指标还能帮助医生更早识别高转移风险患者，及时采取更积极的治疗干预。总而言之，当突变丰度比值大于2/3与低转移风险显著相关时，这表明肿瘤可能尚未达到转移的临界点，预测其转移风险较低，可以作为结直肠癌的转移风险评估提供可靠的生物标志和预测工具。第十步，实验结果表明，实施例1提出的突变丰度比值2/3可以作为早期筛查或预测转移风险的有效指标。通过这项研究，优化了结直肠癌患者的个体化治疗策略，尤其是在影像学没有检测出转移的情况下。进一步验门静脉血相对于外周静脉血中的突变丰度比值2/3能够作为预测结直肠癌微小转移的有效手段。

[0038]  实施例3 KEGG分析验证第一步，针对比率高组检测到的突变进行KEGG富集分析。第二步，KEGG富集的通路
以Bonferroni矫正后的P值<=0.05为标准进行筛选，同时排除与结直肠癌无关的通路（如其他癌症通路）。第三步，定义变量：“通路功能是否受影响” （二分类变量，是、否），通路中任一基因检出突变，视为该通路功能可能受影响。第四步，以逻辑回归比较“通路功能是否受影响”在对照组、复发组之间的差异 ，并以P值<=0.05作为显著差异的筛选标准。结果如附图6所示， 通路组间无显著差异，且OR均大于1。这进一步表明在临床上可以基于大于2/3的突变丰度比值预测出较低的转移风险。换句话说，医生可以对这些患者采取较保守的治疗策略，避免过度治疗（如不必要的化疗或放疗）。

[0039] 实施例4按照实施例1‑3的流程分别选用拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对结直肠癌患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对结直肠癌患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，患者术中门静脉血中共同检出其他标志物的含量/外周静脉血同检出其他标志物的含量的值小于阈值，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中门静脉血中共同检出其他标志物的含量/外周静脉血同检出其他标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中门静脉血中共同检出其他标志物的含量/外周静脉血同检出其他标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，结直肠癌共同检出突变的拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.75、0.84、
0.87、0.92、0.85、0.78、0.96。

[0040] 实施例5按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对腹腔器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现采用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式对腹腔器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中门静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中门静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中门静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，胃癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.69、0.77、0.81、0.89、
0.95、0.92、0.90；而胰腺癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.61、0.83、0.70、0.78、0.65、0.87、0.74。

[0041] 实施例6按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对盆腔器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对盆腔器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的均为小于1的数值。此外，当患者术中卵巢静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中卵巢静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中卵巢静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，卵巢癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.50、
0.81、0.74、0.68、0.90、0.83、0.94。

[0042] 实施例7按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对盆腔器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对盆腔器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中子宫静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中子宫静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中子宫静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，子宫癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为
0.41、0.72、0.90、0.94、0.68、0.55、0.79。

[0043] 实施例8按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对乳腺、胸壁及其他胸部结构肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对乳腺、胸壁及其他胸部结构肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中乳房静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，发现其有更高的微小转移灶检出率或在随访期内被发现转移。与此同时，术中乳房静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中乳房静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，乳腺癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.56、0.84、0.70、0.96、0.66、0.89、0.75。

[0044] 实施例9按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对泌尿系统和内分泌系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对泌尿系统和内分泌系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中肾静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值时，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中肾静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中肾静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，肾癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.82、0.65、0.51、0.92、0.83、0.51、0.44。

[0045] 实施例10按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对中枢神经系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对中枢神经系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中大脑静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中大脑静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于1的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中大脑静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，脑癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.39、0.58、0.93、0.86、0.73、0.65、0.80。

[0046] 实施例11按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对泌尿系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对泌尿系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中膀胱静脉及其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中膀胱静脉及其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中膀胱静脉及其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，膀胱癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.51、0.62、0.93、0.69、0.79、0.82、0.91。

[0047] 实施例12按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对肝脏及其邻近器官和系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对肝脏及其邻近器官和系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中肝静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，发现有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中肝静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果均说明患者术中肝静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，肝癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.63、0.83、0.95、0.68、0.74、0.83、0.51。

[0048] 实施例13按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对肺部及支气管系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对肺部及支气管系统的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中肺静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中肺静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果均说明患者术中肺静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，肺癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.74、0.92、0.67、0.63、0.51、0.76、0.88。

[0049] 实施例14按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对食管及邻近器官的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对食管及邻近器官的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中食管静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中食管静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些研究结果说明患者术中食管静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，食管癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.45、0.63、0.94、0.72、0.61、0.86、0.82。

[0050] 实施例15按照实施例1‑3的流程分别选用共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基
化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式作为标志物对前列腺及邻近器官的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量。结合统计分析和临床验证，发现共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原或ctDNA片段化模式为其他标志物对前列腺及邻近器官的器官肿瘤患者的肿瘤残留以及复发进行衡量的阈值均为小于1的数值。此外，当患者术中前列腺静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的比值小于阈值，有更高的微小转移灶检出率或在随访期内发现转移。与此同时，术中前列腺静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血同检出标志物的含量的值大于阈值的患者出现了相对较低的转移风险。这些均说明患者术中前列腺静脉或其属支静脉血中共同检出标志物的含量/外周静脉血共同检出标志物的含量的比值对肿瘤残留以及复发的衡量具备可靠性。其中，前列腺癌共同检出突变的突变丰度、拷贝数变异、DNA甲基化、基因重排、微卫星不稳定性、表观遗传标志物、肿瘤新抗原、ctDNA片段化模式衡量肿瘤残留以及复发的阈值分别为0.52、0.92、0.61、0.76、0.87、0.94、0.83。

[0051] 上述实施例阐明的内容应当理解为这些实施例仅用于更清楚地说明本发明，而不用于限制本发明的范围，在阅读了本发明之后，本领域技术人员对本实施例的各种等价形式的修改均落入本发明所附权利要求所限定的范围。