本发明公开了一种检测与三七中三七皂苷R1含量相关的SNP分子标记的试剂盒在三七中三七皂苷R1含量性状育种中的应用，其特征在于：所述的SNP分子标记为SNP2‑188997159，位于Chr5染色体第188997159位碱基，其突变类型为G/A。本发明开发的KASP引物组合能准确区分三七皂苷R1含量高和低的三七，且能应用于三七分子辅助标记育种，缩短新品种培育周期，且检测成本较低、不受环境限制、检测结果准确性高、易重复。对于加快高三七皂苷R1含量三七育种的遗传改良进程，提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。