在处理专利诉讼中的专利许可合同争议时，首先需要明确专利许可合同的法律地位和效力。专利许可合同是专利权人与被许可人之间就专利权的使用达成的一种协议。在专利诉讼中，专利许可合同争议通常涉及合同的有效性、合同的履行、违约责任以及合同的解除等问题。
专利许可合同争议的处理，首先需要审查合同的合法性。合同的合法性包括合同主体的合法性、合同内容的合法性以及合同形式的合法性。如果合同违反了法律规定，那么该合同可能被认定为无效。
其次，需要审查合同的履行情况。专利许可合同的履行包括专利权的交付、使用费的支付、技术指导和技术支持等。如果一方未按照合同约定履行义务，另一方可以要求其承担违约责任。
再次，需要审查合同的解除条件。专利许可合同的解除可以是双方协商一致解除，也可以是一方违约导致合同解除。如果一方违约，另一方可以要求解除合同，并要求违约方承担相应的违约责任。
最后，专利许可合同争议的处理还需要考虑专利权的保护。专利权是一种知识产权，具有排他性。在专利诉讼中，专利权人有权要求侵权人停止侵权行为，并要求赔偿损失。
总之，专利诉讼中的专利许可合同争议处理需要综合考虑合同的合法性、履行情况、解除条件以及专利权的保护等多个方面。通过法律途径，维护专利权人的合法权益，促进知识产权的健康发展。