本发明提供了一种爆裂玉米全基因组分型的SNP分子标记组合、检测芯片和应用，涉及分子育种技术领域。本发明提供了一种用于爆裂玉米全基因组基因型分型的SNP分子标记组合，基因型分型对象包括6419个SNP位点，本发明中的SNP标记均匀的覆盖整个玉米参考基因组，可以为爆裂玉米特异农艺性状控制基因的图位克隆提供高质量的分子标记。同时，本发明也能对不同类型的玉米进行基因型分型。爆裂玉米种质资源较其它类型玉米种质资源狭窄，本发明的芯片能弥补已有的基于粮食玉米多样性开发的芯片在爆裂玉米基因型分型中多样性低的缺点。