软件著作权与专利权是两种不同的知识产权形式，它们在保护对象、保护范围、保护期限以及申请流程等方面存在显著差异。
首先，保护对象不同。软件著作权主要保护的是软件的源代码和文档，即软件的表达形式，而不保护软件的功能、思想或操作方法。专利权则保护的是发明创造，包括新颖、具有创造性和实用性的技术解决方案。
其次，保护范围不同。软件著作权的保护范围相对较窄，仅限于软件的源代码和文档，而专利权的保护范围更广泛，可以涵盖发明创造的所有实施方式和应用领域。
再次，保护期限不同。软件著作权的保护期限一般为作者终生加上50年，而专利权的保护期限通常为20年，从申请日起计算。
最后，申请流程不同。软件著作权的申请相对简单，只需提交软件源代码和文档，而专利权的申请则更为复杂，需要提交详细的技术方案、实施方式和创新点等。
此外，软件著作权和专利权在侵权责任、许可使用和转让等方面也存在差异。软件著作权侵权主要涉及未经授权的复制、发行、修改等行为，而专利权侵权则涉及未经授权的制造、使用、销售等行为。在许可使用和转让方面，软件著作权通常采用非独占许可，而专利权则可以采用独占或非独占许可。
总之，软件著作权与专利权在保护对象、保护范围、保护期限和申请流程等方面存在显著差异，企业在选择知识产权保护策略时，需要根据自身的技术和市场特点，综合考虑软件著作权和专利权的优缺点，制定合适的保护策略。