本发明涉及电力系统领域，具体公开了一种新能源配储联合参与调频辅助服务市场的调度运行方法，包括：将待聚合的配备有储能的各新能源电站各日的前预定数量日的出力值输入至训练好的日前出力预测模型，生成各新能源电站各日的预测出力值，并利用概率削减法对日场景进行削减，获取多个典型日的发生概率；基于多个典型日的发生概率和各新能源电站的多个典型日的预测出力值，利用粒子群算法，以联盟结构的调度运行收益作为适应度值，对初始化的多个联盟结构进行优化，获得目标联盟结构，并输出目标联盟结构中各联盟中各新能源配储在各典型日分配给调频辅助服务市场和电能量市场的容量。本发明不仅能提高新能源的储能利用率，还能提升电网的供电质量。