软件著作权与雇佣关系的归属问题是软件开发领域中常见的法律问题之一。在处理这类问题时，首先需要明确软件著作权的定义和归属原则。根据《中华人民共和国著作权法》的规定，软件著作权属于软件开发者，即实际编写代码的人。但在雇佣关系中，软件开发者往往是雇员，这就涉及到著作权归属的复杂性。
首先，我们需要了解雇佣合同中关于著作权的条款。如果合同明确规定了著作权的归属，那么应当按照合同执行。如果合同中没有明确规定，那么就需要根据具体情况来判断。通常情况下，如果软件是雇员在正常工作时间内，利用公司的资源和条件开发的，那么著作权应当归属于公司。反之，如果软件是雇员在业余时间，利用个人资源开发的，那么著作权应当归属于雇员。
其次，我们需要考虑软件的商业价值和公司的商业利益。如果软件具有较高的商业价值，对公司的业务发展有重要作用，那么公司可能会主张著作权的归属。在这种情况下，公司和雇员可以通过协商，达成一种双方都能接受的协议，比如雇员将著作权转让给公司，公司给予雇员一定的经济补偿。
最后，如果双方无法通过协商解决著作权归属问题，那么可以寻求法律途径解决。根据《著作权法》的规定，著作权纠纷可以通过调解、仲裁或者诉讼等方式解决。在诉讼过程中，法院会根据具体情况，综合考虑各种因素，做出公正的判决。
总之，处理软件著作权与雇佣关系的归属问题，需要综合考虑合同条款、具体情况和商业利益等因素。通过协商、调解或者诉讼等方式，可以找到一种合理的解决方案，保护双方的合法权益。