本发明属于柔性直流输电技术领域，具体涉及一种电气量数据相位同步补偿方法及系统。该方法包括：计算对同相位的原始交流电压信号和原始交流电流信号分别通过不同方式进行采集得到的采集交流电压与采集交流电流的相位差，将相位差作为补偿相角；利用采集交流电压经派克变换后的q轴分量进行锁相环运算得到基准相角，根据基准相角对采集交流电压进行派克变换分别得到采集交流电压的d轴分量和q轴分量；根据通过基准相角与补偿相角得到的补偿后的相角对采集交流电流进行派克变换得到采集交流电流的d轴分量和q轴分量；采集交流电压和采集交流电流的d轴分量和q轴分量用于计算有功功率和/或无功功率。