本发明公开了复杂环境下无人水面航行器(USV)最优轨迹规划方法及系统，其中方法步骤包括：对目标进行状态初始化，得到初始状态信息；基于初始状态信息，构建系统模型；构建基于威胁的知识图谱，并推理得到威胁度信息；结合多目标后验克拉美罗下界与威胁度信息，构建评价指标；基于评价指标，完成最优轨迹规划。本发明结合目标和洋流运动态势构建基于海洋威胁的知识图谱。并通过强化学习方法对图谱中的威胁语义信息进行推理，颇为有效地解决了传统威胁评估方法缺乏对威胁特征的自学习能力的缺点，能够深入挖掘评估指标之间的相关性。本发明可以在有效规避目标威胁和洋流扰动的同时优化目标的跟踪效果。