本发明涉及质量控制技术领域，提供了一种流化床包衣微丸团聚率在线监测方法及系统。该方法包括，按照预设时间间隔，分别获取流化床包衣全过程的近红外光谱和工艺参数数据；将流化床包衣全过程的近红外光谱和工艺参数数据，按照对应预设时间间隔进行拼接，得到融合数据；基于融合数据，采用已训练的团聚率模型，得到微丸团聚率；其中，所述团聚率模型的训练过程包括：以拼接后的融合数据为输入，以离线测量的各时间点微丸团聚率为输出，对团聚率模型进行训练。本发明通过融合近红外光谱与工艺参数数据，能够在复杂背景下有效准确的监测流化床包衣过程微丸团聚率的变化。