本发明专利属于水处理技术领域，具体涉及一种基于流化床的一体化除氟方法及系统，所述方法包括以下步骤：将含氟废水输送至设置有萤石晶种的内置流化床床体，并在内置流化床床体中输入复合钙盐结晶剂，诱导结晶生成萤石，进行一级除氟；将一级除氟后的废水输送到设置有氟磷酸钙改性方解石晶种的外置流化床床体，并在外置流化床床体中输入磷酸氢二钾和氢氧化钠，进行二级除氟；将二级除氟后的废水经过多孔吸附填料处理后，输送到出水收集池，所述出水收集池与盐酸储罐连通。本发明所述除氟方法和系统将高浓度含氟废水除氟和深度除氟合并为一体化，可以实现废水处理效果的有效提升。