本发明公开了一种油包水乳液型海藻酸钠堵水剂及其制备方法和应用，属于石油化工技术领域。上述制备方法包括以下步骤：将海藻酸钠完全溶解于去离子水中，得到水相；将乳化剂溶解于白油中，得到油相；在搅拌状态下，将水相缓慢滴加到油相中，通入氮气，在第一设定温度下进行预乳化后升温至第二设定温度进行反应，反应结束后冷却至室温，获得油包水乳液型海藻酸钠堵水剂。采用上述制备方法制得的堵水剂注入高温高矿化度储层后，温度触发乳化液破乳，水相中的海藻酸钠迅速和钙镁等金属离子发生络合反应形成强度较高的堵剂，封堵高渗通道，用以解决在现有堵水剂在高温高矿化度储层中稳定性差的技术问题。