本申请涉及生命科学技术领域，提供了一种高通量简化噬菌体基因组骨架的方法。所述方法包括如下步骤：设计并合成噬菌体的CiPGr序列文库，将CiPGr序列文库与pTarget质粒骨架组装，形成CiPGr质粒文库；将CiPGr质粒进行转化后提取CiPGr质粒；将CiPGr质粒转化进入含有spCas9质粒的宿主细菌中，得到CiPGr质粒‑细菌文库；将野生型噬菌体和对应的CiPGr质粒‑细菌文库在培养基中培养，迭代培养，生成突变噬菌体库；对间隔一定转移次数后得到的突变噬菌体库进行测序，确认所述噬菌体中的所有可删除基因。本申请提供的方法，可以实现包括有尾噬菌体在内的所有噬菌体的基因组简化。