一种基于双层结构遗传算法的短波区域保障站点设备规划方法，包括下列步骤：建立短波区域保障评估模型；结合给定的备选站点及站点设备数据，以混合编码生成站点规划方案种群并构建一层遗传算法并初始化种群；对种群中每个个体即站点规划方案采用第二层遗传算法，以最优保障效能为目标，对站点频率进行优化配置并输出最优个体适应度；得到的优化结果作为该个体的最优保障效能，与成本评估模型一起作为一层个体的优化模型，进行一层遗传算法的迭代优化，最终得出站点优化配置。本发明优化结果可以达到短波站点覆盖率最优的同时，控制布设站点的成本，并给出组网用频建议。