本发明提供一种磁通电机永磁体的磁极偏移控制方法及磁通电机，控制方法包括：获取磁通电机的永磁体的分组磁体极数和定子槽数，永磁体包括至少两个分组磁体，至少两个分组磁体沿磁通电机的周向均匀分布，每个分组磁体具有相同的层数；根据永磁体极数和定子槽数，得到单齿槽转矩跨度；根据单齿槽转矩跨度，得到第一层分组磁体的第一角度；根据单齿槽转矩跨度和永磁体层数，得到第二角度；按照第一角度控制第一层分组磁体进行正向偏移，各层分组磁体在第一层分组磁体基础上依次相对紧邻的上一层分组磁体反向偏移第二角度。本发明的方案能够减小磁通电机的齿槽转矩和转矩脉动，提高磁通电机的定位精度和稳定性。