本发明公开了一种具有干燥功能的流式细胞仪喷嘴清洗系统，涉及流式细胞仪领域，包括供气装置，供液装置以及设于流式细胞仪外壳内的定位箱，所述定位箱顶部设有进样管以及进液管，所述定位箱底部设有出样管以及排液管，所述进样管、进液管、出样管以及排液管端部且位于所述定位箱内均设有伸缩连接部件；所述定位箱内设有切换装置，所述供气装置包括储气箱，一端连通所述储气箱外壁的气源管，设于所述储气箱侧壁的空气水分检测部件，一端连通所述储气箱外壁的输气管，以及侧壁与所述输气管连通的分流气管。本发明是一种便于清洗完成后快速干燥的清洗系统。