本发明提供一种内窥镜系统的光源装置及内窥镜系统。光源装置包括：照明部，用于发出照明光；滤光部，设置有多个滤光片组合，滤光片组合包括第一窄带滤光片、第二窄带滤光片及第三窄带滤光片，各窄带滤光片分别透过不同波段的窄带光，控制部，控制滤光部运动，使照明光经滤光部后成为向与光源装置连接的内窥镜出射的目标光，第一窄带滤光片长度小于第二窄带滤光片长度，第二窄带滤光片长度小于第三窄带滤光片长度，在内窥镜的高光谱模式下，照明光照射到滤光部上的光斑在滤光片组合上匀速移动。根据本发明，在内窥镜拍摄图像时，各波段的光均不会欠曝或过曝，能获得亮度均匀高质量的高光谱图像，能延长驱动装置的寿命，降低光源装置工作时的噪声。