本发明属于联合发电控制领域，提供了兆瓦级光‑储‑氢联合发电系统运行优化控制方法及系统。其中，该控制方法包括第一优化控制阶段，其以系统峰谷调节效果最优、系统运维成本最小、各电堆退化最少及各电堆最佳工作点追踪性能最优为目标，制定系统各设备日前调度计划；第二优化控制阶段，其不断更新MPC所使用的各电堆模型参数，根据短期源荷预测来调整系统各设备输出功率来跟踪和修正日前调度计划；再以日内滚动优化控制的电网、各电堆、储能电池的出力计划与日前调度计划得出的设备出力计划间的偏差最小为目标，及以各电堆输出功率连续波动幅度最小并使各电堆输出功率跟踪更新后的各电堆最佳工作点作为优化目标进行滚动优化。