本发明公开了一种综合能源系统碳流计算方法，包括获取目标综合能源系统的数据信息；建立电力系统#imgabs0#流计算模型、天然气系统#imgabs1#流计算模型、热力系统#imgabs2#流计算模型和标准化#imgabs3#集线器模型；将支路#imgabs4#损分摊到支路两端节点，建立网络化的能源站碳流模型和考虑能量品质的综合能源系统矩阵化碳流统一计算模型；根据构建的模型，完成综合能源系统的碳流计算。本发明还公开了一种实现所述综合能源系统碳流计算方法的系统。本发明分析了碳排放在系统的传输机理建立源‑网‑荷之间的联系，同时考虑了能量的“量”和“质”之间的关系，实现了碳排放在系统中的分布的计算；因此本发明不仅能够实现综合能源系统的碳流计算，而且可靠性更高，精确性更好。