本发明公开了一种微生物白云岩形成过程的识别方法，本发明综合应用多种技术手段选定样品，利用高分辨率扫描电镜、原子力显微镜—激光拉曼等，综合微生物培养实验的结果，建立微生物白云岩生物成因指示性标志。用硼同位素估算早古生代海水的古pH值，用常规碳氧、锶同位素恢复古温度，古碱度，进而模拟(如：PHREEQC软件)出海水属性变化(包括物理、化学条件的差异及不同成分)对白云石沉淀的影响和制约，为解决古老的“白云岩问题”提供新思路，具有探索性的理论意义；明确了微生物白云岩特征、形成环境等属性，对于白云岩储层预测也具有指导性作用。