本发明公开了一种光储电站运行协同优化方法及系统，属于光储联合电站优化配置领域。方法包括：获取光储电站的实际出力数据；基于光储电站实际出力数据，对光储电站的实际出力数据曲线进行聚类划分，将聚类中心作为光储电站的预测出力数据；构建光储电站运行目标函数；确定所述光储电站运行目标函数的约束条件；将所述实际出力数据与所述预测出力数据共同作为输入，求解光储电站运行目标函数，得到光储电站收益指标，基于光储电站收益指标生成运行协同优化方案。本发明可有效减少光储电站数据处理的时间，增加光储电站实际出力数据的实时性，准确性，从而进一步准确获得光储电站最佳的经济收益。