本发明公开了一种小麦矮秆种质的选育方法，属于小麦育种领域。本发明从蓝矮败纯合的回交群体中分拣白粒种子种植，采用较宽的大小行模式，保证下层空间有相对较好的光照等条件使分离出的矮秆植株能得到正常的生长发育，对发现的矮秆植株挂牌标记，并剪除两侧相邻植株，使选株得到更多光照，正常授粉结实。进一步通过株系比较，育成预期的矮秆种质。该矮秆种质是蓝矮败连锁性状间打破连锁、性状交换的产物，通过这一途径，可以选育主要性状得到事先设计、可以预期的矮秆类型种质，这对高产抗倒伏育种具有重要意义。本发明选育矮秆种质具有很好的预见性，可重复性；且简便易行。