本发明公开了一种嵌入式系统软件升级方法，包括以下步骤：编程器将第一加载引导程序、第一Linux内核、第一文件系统三个文件依次烧写到空白的Flash闪存中，同时编程器进行坏块检测；自动重启目标板并进入Linux系统，连接计算机与移动存储设备；第一加载引导程序、第一Linux内核、及第一文件系统自动复制至内存，擦除Flash闪存内的内容；挂载移动存储设备，然后将第二载引导程序、第二Linux内核、第二文件系统依次烧写入所述Flash闪存，同时进行坏块检测，直到完成烧写。本发明还公开了一种用于实施该方法的嵌入式系统软件升级系统。本发明的嵌入式系统软件升级方法及系统能够在Linux文件系统支持下实现坏块管理，烧写各种常见类型文件系统如Cramfs/Yaffsx/Jffsx等，所有步骤可自动完成。