本发明涉及船舶动力系统技术领域，提供一种船舶动力系统的控制方法和装置，船舶动力系统包括燃料电池和蓄电池，燃料电池和蓄电池分别通过相应的第一变换器连接到直流母线，直流母线通过多个第二变换器连接到多个用电设备，所述方法包括：根据多个用电设备当前时刻接收到的负荷调节指令获取当前需求负荷；获取蓄电池在当前时刻的SOC；判断当前需求负荷相对于执行负荷调节指令之前的历史实际负荷的变化状态是增大还是减小；根据变化状态和SOC对燃料电池和蓄电池的运行进行控制，直到燃料电池实时的输出负荷稳定为当前需求负荷，或者多个用电设备接收到新的负荷调节指令。本发明既能够充分发挥燃料电池的优势，又能够达到较佳的动力性能。