本发明公开了一种应用于生物基产品脱盐过程的电去离子分离纯化方法，属于生物化工分离技术领域。本发明公开的一种应用于生物基产品脱盐过程的电去离子分离纯化方法，融合了电渗析与树脂脱盐的优势，通过内置的含离子基团的介质有效减小电极板间的电阻，进而增强电流驱动的脱盐效率，实现生产成本的降低。本发明利用电去离子装置，针对糖类及其衍生物、有机酸、有机醇等多种生物基产品实施了高效的脱盐处理，脱盐效率普遍超过98%，单元收率保持在95%以上。此外，在跨膜传输的产品流与特定膜组配置下，该技术还展现出了优异的脱色性能。本发明在生物基产品的脱盐处理上展现出广泛的适用性，预示着其在工业化应用中具有广阔的发展前景。