本发明涉及固体氧化物燃料电池技术领域，特别涉及一种SOFC‑锂电池混合供电控制系统及方法，包括以下步骤：S1.数据采集：数据采集设备从SOFC电堆采集样机运行数据；S2.数据解耦：将采集的氢气利用率HU和空气过量比AR作为前馈补偿解耦控制器的输入，电堆温度T和功率P作为输出，得到多个单输入单输出之间的匹配关系；S3.数据寻优：根据解耦后的匹配关系，对采集的数据使用改进非支配排序遗传算法进行多目标寻优，得到最大功率和安全温度；S4.协同供电：模糊控制器根据寻优得到的最大功率与负载设备所需功率的功率差值和功率变化率对锂电池组的充放电模式进行调控；本发明既能够保障SOFC电堆热健康和安全运行，同时在稳定状态下与锂电池组有效协同供电。