本申请涉及一种基于多阵元天线的卫星/惯性组合导航抗欺骗干扰方法及系统，通过由惯导测量单元接收惯导测量值并对其进行预处理得到处理后的惯导测量值，由主从天线接收卫星发送的导航信号，根据接收得到的主从天线信号进行检测是否存在欺骗干扰信号，若存在欺骗干扰信号，则由多阵元天线对欺骗干扰信号的来波方向进行搜索并将零陷对准该方向，同时切换主天线信号为多阵元天线信号，并进行检测，直至检测不到欺骗干扰信号，则将多阵元天线信号作为GNSS信号以及处理后的惯导测量值采用因子图进行优化，得到抗欺骗干扰的卫星/惯性组合导航结果。采用本方法可在复杂环境以及存在欺骗干扰的场景中进行精准导航。