本发明涉及水上目标跟踪和应急救援目标跟踪领域，特别涉及一种基于AIS与无人设备联动的水域目标跟踪方法和系统，通过接收水域目标发射的AIS数据信号，并将接收到的AIS数据信号传输至控制端，控制端对AIS数据信号进行解析，并从AIS数据信号中提取水域目标所在的经度信息和纬度信息，控制端将提取到的水域目标所在的经度信息和纬度信息推送至无人设备，无人设备根据控制端推送过来的水域目标所在的经度信息和纬度信息校正自身的航行目的地，并以校正后的航行目的地为最终的航行目的地，从而实现AIS与无人设备的自动联动，提高目标观测效率，进而能够及时判定目标情况。