本申请公开了一种基于深水探测机器人智能导航的海洋测绘系统，属于海洋测绘技术领域。包括：数据采集模块，通过深水探测机器人搭载的多源导航设备与海底测量设备同步采集导航定位数据和海底地形数据；导航融合模块，实现多源数据的自适应融合，输出初始位姿估计；质量控制模块，对实时测绘数据进行质量评估与异常识别；路径规划模块，实时规划最优测绘路径，并根据质量控制模块的重测需求进行在线调整；容错控制模块，实现多层次的导航源故障诊断，在导航异常或失效时启动降级导航策略，确保仍能维持基本的导航与测绘功能；地形测绘模块，利用导航融合模块提供的位姿信息对海底地形数据进行实时补偿和拼接。